식물시스템과학전공은 식물생명과학 분야에서 21세기를 이끌어갈 창의적이고 능력있는 글로벌 인재양성을 목표로 한다. 이를 위하여, 학생들에게 생태학, 환경공학, 식물형태학, 식물분자생물학, 분자유전육종학, 고품질·첨단 수확후 저장학, 천연물신소재공학 등 세계수준의 식물 생명과학 연구 및 교육, 실습을 제공하고, 사회의 다양한 분야에서 중추적인 역할을 담당할 수 있는 능력을 갖추도록 노력한다.

또한 식물시스템과학 전공의 목표는 21세기 지식기반 사회가 요구하는 교육과 연구에 바탕을 두고,
첫째, 식물생명과학연구의 최첨단화로 창의적, 미래지향적 산업 활성화와 둘째, 식물을 응용한 생명과학 연구와 교육을 통한 글로벌인재 양성이다.